Urodzony w 1930 roku w Krakowie. Współzałożyciel i współanimator Teatru Laboratorium Grotowskiego przez cały okres jego istnienia (1959–1984). W latach osiemdziesiątych – dyrektor tego teatru. Krytyk, pisarz, wieloletni partner twórczego dialogu z Grotowskim, sam został praktykiem, prowadząc doświadczenia parateatralne oraz warsztaty aktorskie w wielu krajach świata.

W czasie II wojny światowej przebywał we Lwowie, a następnie w Uzbekistanie. Do Polski powrócił w 1946 roku. Podjął studia na Wydziale Polonistyki Uniwersytetu Jagiellońskiego. Jako krytyk zadebiutował w 1948 roku. W latach 1950–1956 był członkiem zespołu redakcyjnego „Życia Literackiego”. Współpracował też z „Przeglądem Kulturalnym”. W 1952 roku ogłosił w „Życiu Literackim” tekst Nowy Zoil, czyli o schematyzmie, w którym dokonał krytycznej analizy socrealizmu (jednej z pierwszych w polskim piśmiennictwie). Termin „wszystkoizm”, ukuty na użytek tej analizy, wszedł na stałe do języka polskiego. Flaszen jest także twórcą pojęcia „teatr jednego aktora”, którym posłużył się w 1959 roku recenzując monodram Wojciecha Siemiona Wieża malowana.

Niemal cały nakład jego pierwszej książki – tomu szkiców i pamfletów literackich Głowa i mur (1958) – został skonfiskowany przez cenzurę. Jest także autorem Cyrografu – zbioru esejów i małych próz o sytuacji jednostki w systemie totalitarnym (kolejne wydania: 1971, 1974, 1996, Wydawnictwo Literackie, Kraków; wersja francuska – 1990 Paryż, Edition la Decouverte). Jego książka Teatr skazany na magię (Wydawnictwo Literackie, Kraków 1983) zawiera teksty związane ze współpracą autora z Jerzym Grotowskim i jego udziałem w kształtowaniu twórczej doktryny Teatru Laboratorium. Wraz z Carlą Pollastrelli wydał w języku włoskim Il Teatr Laboratorium di Jerzy Grotowski 1959–1969, testi e materiali di Jerzy Grotowski e Ludwik Flaszen con un scritto di Eugenio Barba (Pontedera 2001). W 2006 roku jego komentarze do spektakli Teatru Laboratorium zostały wydane w tomie zbiorowym Misterium zgrozy i urzeczenia (pod red. Janusza Deglera i Grzegorza Ziółkowskiego, Instytut Grotowskiego, Wrocław 2006).

Od 1984 roku, po rozwiązaniu Teatru Laboratorium, mieszka w Paryżu. W 1989 roku wyreżyserował swój pierwszy spektakl: Marzyciele wg Dostojewskiego. W 1995 roku zrealizował w Starym Teatrze w Krakowie Biesy albo Mały Plutarch żywotów nieudanych wg Dostojewskiego. Stale współpracuje z wrocławskim Instytutem Grotowskiego.

Ludwik Flaszen jest laureatem Nagrody Miasta Wrocławia, nagrody miesięcznika „Odra”, w 2000 roku odznaczony został Krzyżem Komandorskim Orderu Zasługi Rzeczypospolitej Polskiej.